目前，我国医院信息化建设的重点开始从以费用、管理为主的医院信息化初级逐步过渡到以医院临床信息为主的。医院信息系统的开发和应用正在向深度发展，开始从早先的侧重于经济运行管理，逐步向临床应用、管理决策应用延伸，逐步实现“以收费为中心”向“以病人为中心”的数字化医院转变，同时在合理利用医疗资源、优化医疗业务流程、完善医院管理决策方面发挥越来越重要的作用。
目前三级医院几乎都开展了信息化建设，二级及以下级别的医院中80%以上已经开展了信息化建设，大多数以HIS 系统为主。HIS 系统的应用基本成熟并逐步扩展应用，医生工作站和护士工作站不断普及，导医系统更加完善；无线应用技术快速发展，手持终端应用逐渐扩展。CIS 系统正在逐步深入，PACS、RIS 等系统应用逐渐成熟，EMR（电子病历）正在被越来越多的医院试用和采用，手术麻醉、重症监护等系统应用得到推广。从2007 年开始的数字化医院集成平台稳步发展，但是整合难度较大，目前发展较慢。   
2003 年SARS 重大疫情灾害爆发后，暴露出我国对于突发公共卫生事件的应急机制不健全、公共卫生发展严重滞后的问题。政府开始加大对公共卫生领域等区域性医疗卫生信息化建设的研究和投入，并推动了包括疫情和突发公共卫生事件监测系统、突发公共卫生事件应急指挥中心与决策系统、医疗救治信息系统以及卫生监督执法信息系统在内的国家公共卫生信息系统建设。同时，医疗体制改革也推动了针对城镇居民的社区卫生服务系统和针对农村居民的农村医疗保险信息系统等多个医疗信息化产品的快速发展，大大延伸和完善了我国医疗信息化产品线；各地卫生行政部门也纷纷建立计划免疫信息系统、妇幼保健信息系统、血液管理信息系统等，为未来共享和整合信息资源建立了基础。
目前，疾病控制、妇幼保健、社区卫生以及新农合等信息化建设在各地区逐渐展开，欠发达地区也着手建设相关系统，但信息化应用相对简单。疾病控制、新农合等信息化应用已经在全国展开，但是目前建设重点还是省级平台。居民健康档案系统建设和区域医疗数据中心建设作为公共卫生信息化建设的重点，在2008 年开始大力发展。居民健康档案是实现区域医疗的基础，也是实现医疗改革目标的关键途径，多个省级的政府卫生管理部门开始建立省级平台。区域医疗数据中心用于集成区域内多家医院的医疗信息存储和交换，是将来实现区域医疗的基础。
我国医疗卫生行业信息化发展起步较晚，在整体IT 投资规模上，目前国内医疗行业每年实际的投入只占医院年收入的0.3-0.5%，而发达国家和地区是3-5%，两者存在10 倍的差距。由于受经济条件的限制，国内医疗卫生行业信息化是从国内少数大型综合医院开始发展，逐步向中小型医院市场普及。从医院等级上来看，三级医院的投入显著高于三级以下医院，乡镇医院及农村卫生系统的信息化建设相对落后；从地域分布来看，经济发达地区的医院信息化投资也明显高于经济中等发达及经济欠发达地区。信息化程度的差异对全国范围内的医疗体制改革、新农合等政策的实施及全民医疗卫生水平的提高带来了一定的困难。